Μπορεί το 2020 να έρχονται τα ηλεκτρονικά βιβλία για τις επιχειρήσεις και τους επαγγελματίες αλλά υπάρχει μια κατηγορία αγροτών οι οποίοι δεν θα χρειαστεί να μάθουν πώς θα λειτουργεί το νέο σύστημα. Στο ειδικό καθεστώς ΦΠΑ, που σημαίνει ότι θα συνεχίσουν να απαλλάσσονται από την τήρηση βιβλίων, να μην εκδίδουν στοιχεία και να υποβάλουν δηλώσεις Φ.Π.Α, θα παραμείνουν και το 2020 οι αγρότες των οποίων ο τζίρος από τις πωλήσεις των προϊόντων τους δεν θα υπερβεί φέτος τις 15.000 ευρώ και θα λάβουν επιδοτήσεις έως 5.000 ευρώ. Ο αγρότης εξακολουθεί να υπάγεται στο ειδικό καθεστώς, έστω και αν πωλεί τα προϊόντα του ύστερα από κάποια στοιχειώδη επεξεργασία που γίνεται με συνηθισμένα μέσα, στα πλαίσια της αγροτικής του παραγωγής, και εφόσον μετά την επεξεργασία αυτή, τα προϊόντα του δεν χαρακτηρίζονται ως βιομηχανικά ή βιοτεχνικά . Για παράδειγμα ο ελαιοπαραγωγός που πωλεί το λάδι σε τενεκέδες ή ο αγρότης που πωλεί εμφιαλωμένο κρασί ή τσίπουρο, το οποίο δεν έχει υποστεί ιδιαίτερη επεξεργασία, αλλά είναι προϊόν φυσικής ζύμωσης δεν αποκλείεται από το ειδικό καθεστώς ΦΠΑ. Σε αυτές τις περιπτώσεις οι φορολογούμενοι δεν χρειάζεται να έχουν λογιστή, να τηρεί βιβλία, να υποβάλει περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ κλπ.

Παράλληλα, για τον Φ.Π.Α. των εισροών τους, που προορίζονται για την αγροτική τους εκμετάλλευση (σπόροι, λιπάσματα, μηχανήματα) προβλέπεται επιστροφή του Φ.Π.Α. με ειδικό τρόπο.

Δηλαδή, η επιστροφή δεν γίνεται με βάση τις πραγματικές αγορές που πραγματοποίησε ο αγρότης ή τις πραγματικές υπηρεσίες που έλαβε, αλλά γίνεται με την εφαρμογή κατ' αποκοπή συντελεστή επιστροφής επί των παραδόσεων αγροτικών προϊόντων παραγωγής του και παροχών αγροτικών υπηρεσιών του, τα οποία προκύπτουν από τα σχετικά παραστατικά.

Για να λάβει την επιστροφή ο αγρότης, υποβάλλει, εφόσον το επιθυμεί, μια δήλωση - αίτηση επιστροφής (Έντυπο 010Α - ΦΠΑ έκδοση 2014 Φ6 ΤΑΧΙ5 «Δήλωση - Αίτηση και αναλυτική κατάσταση δικαιολογητικών»). Ο κατ' αποκοπή συντελεστής επιστροφής Φ.Π.Α., που ισχύει για αιτήσεις επιστροφής  είναι 6%.

Αγρότες κανονικού καθεστώτος ΦΠΑ

Όσοι όμως αγρότες έχουν μεγαλύτερους τζίρους άνω των 15.000 ευρώ ή λαμβάνουν μεγαλύτερα ποσά επιδοτήσεων άνω των 5.000 ευρώ εντάσσονται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ και τηρούν υποχρεωτικά βιβλία.

Επίσης στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ εντάσσονται φορολογούμενοι που ασκούν παράλληλα αγροτική δραστηριότητα όπως:

Επαγγελματίας από άλλη αιτία (εμπορική επιχείρηση, ελεύθερος επαγγελματίας): Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς, ανεξάρτητα από το ύψος των επιδοτήσεων του, ή από το σύνολο των πωλήσεων του.  Ο φορολογούμενος θα πρέπει να προσθέσει στη δραστηριότητα του και τον ΚΑΔ για τις αγροτικές του καλλιέργειες στην αρμόδια Δ.Ο.Υ.

Ελεύθεροι επαγγελματίες απαλλασσόμενοι του ΦΠΑ (π.χ. γιατροί): Εντάσσονται στο κανονικό καθεστώς με την προσθήκη ΚΑΔ για την αγροτική τους δραστηριότητα.

Αγρότης με παρουσία στις λαϊκές αγορές: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.

Αγρότης με αγροτικό φωτοβολταϊκό έως 100KW: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.

Αγρότης με ενοικιαζόμενα δωμάτια: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.

Αγρότης με εκμετάλλευση αγροτικών μηχανημάτων, όπως είναι οι θεριζοαλωνιστικές μηχανές, τα σπαρτικά μηχανήματα που προσαρτώνται σε τρακτέρ, κλπ, υποχρεούνται να ενταχθούν στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ και για την αγροτική τους  εκμετάλλευση.

Αγρότης ειδικού καθεστώτος με επιδοτήσεις μεγαλύτερες των 5.000 ευρώ. Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς.

«Νέος Αγρότης»: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς με βάση τις επιδοτήσεις (άνω των 5.000 ευρώ) στις οποίες λαμβάνεται υπόψη και η «ενίσχυση για γεωργούς νεαρής ηλικίας».

Συνταξιούχος/μισθωτός δημοσίου/ιδιωτικού τομέα με εισπραχθείσες επιδοτήσεις άνω των 5.000 ευρώ.